Badan Penyelenggara UMSU adalah Pimpinan Pusat Muhammadiyah yang kewenangan pelaksanaannya dilimpahkan kepada Majelis Pendidikan Tinggi Pimpinan Pusat Muhammadiyah.
Tugas dan wewenang Badan Penyelenggara adalah:
- Menetapkan Pimpinan Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara (Rektor dan Para Wakil Rektor)
- Mengesahkan Anggaran Pendapatan dan Belanja (APB) Universitas setiap tahun yang diajukan oleh Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara.
- Menerima pertanggung-jawaban keuangan dalam bentuk laporan Realisasi APB yang sudah dilakukan.
- Melakukan audit keuangan pada saat menjelang berakhirnya masa jabatan kepemimpinan Universitas berdasarkan pada laporan APB yang dikirimkan oleh Universitas setiap tahun.
