Fakultas Agama Islam (FAI) didirikan tahun 1980. FAI mempunyai visi sebagai pusat pengembangan dan pengajaran Islam komprehensif, yang dapat melahirkan sarjana yang memiliki kompetensi sebagai ulama, pendidik dan juru dakwah yang handal serta didukung oleh kemampuan ilmu agama dan bahasa yang dapat menghadapi perkembangan global. FAI saat sekarang ini dipimpin oleh Akrim, SPdI M.Pd dan mengasuh dua program studi, yaitu :

1. Komunikasi dan Penyiaran Islam (Dakwah)

Program Studi Komunikasi dan Penyiran Islam (KPI) yang diketua oleh Akrim, S.Pdl, M.Pd dan Sekretaris Junaidi, S Pdl, M.Si mempunyai visi pada konsentrasi kadel ulama sebagai pusat keunggulan dalam pengembangan dakwah plus Ulama untuk memenuhi kebutuhan masyarakat Muhammadiyah khususnya dan masyarakat Islam pada umumnya. Jumlah Mahasiswa Program Studi KPI sampai dengan tahun 2005 sebanyak 17 orang.

2. Pendidikan Agama Islam (Tarbiyah)

Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) yang diketuai oleh Akrim, S.Pdl, M.Pd  dan Sekretaris Junaidi, S Pdl, M.Si. mempunyai visi sebagai pusat keunggulan dalam penyelenggaraan dan pengembangan Pendidikan Agama Islam untuk memenuhi kebutuhan pelanggan dalam konteks perkembangan pembelajaran Agama Islam. Jumlah Mahasiswa Program Studi PAI tahun 2005 sebanyak 262 orang.

3. Pendidikan Guru Raudathal Athfal

    Ketua : Akrim, S.Pdl, M.Pd.
    Sekretaris : Junaidi, S Pdl, M.Si.