Untuk menjawab tuntunan dari perkembangan ilmu pengetahuan, UMSU juga membuka program pascasarjan, diantaranya : Program Magister Ilmu Hukum yang berdiri pada tahun 2002, serta Program Magister Manajemen dan Magister Akuntantsi yang berdiri pada tahun 2004. Program Pascasarjan UMSU saat sekarang ini dipimpin oleh Prof Edy Warman, SH M.Hum dan Sekretaris: Hj Masitah Pohan,

    * Program Studi S2 :

      1. Magister Ilmu Hukum

         Ketua Prodi Magister Ilmu Hukum: DR H Triono Eddy, SH M.Hum dan Sekretaris H Mhd Arifin, SH M.Hum

      2. Magister Kenotariatan (MKn)

         Ketua Program Studi (Prodi) Magister Kenotariatan:  DR H Surya Perdana, SH M.Hum dan Sekretaris: Ahmad Fauzi, SH MKn

      3. Magister Ilmu Komunikasi

          Ketua Prodi Magister Ilmu Komunikasi: DR Iskandar Zulkarnain, M.Si dan Sekretaris: Rudianto, S.Sos M.Si
      4. Magister Manajemen

          Ketua Prodi Magister Manajemen: Drs H Efendy Pakpahan, SE MM dan Sekretaris: H Muis Fauzi Rambe, SE MM

      5. Magister Akuntansi (Kerjasama dengan UMJ)