Lembaga ini  merupakan badan pembantu pimpinan UMSU sebagai unsur pelaksana kegiatan akademik yang bertugas melaksanakan sebagian tugas dan fungsi Universitas dalam pembinaan, pengkajian dan pengembangan Al-Islam dan Kemuhammadiyahan. Melalui lembaga ini dilakukan pengembangan kurikulum pendidikan Al-Islam Kemuhammadiyahan, pengembangan kader-kader ulama untuk menciptakan ummat Islam yang berkualitas dan memahami Islam secara kaffah. Kepengurusan Pusat Studi Islam dan Muhammadiyah UMSU periode 2005-2009 sebagai berikut :

Ketua  : Drs. Sarwo Edi

Sekretaris  :  -

Bid. Kurikulum dan Pengajaran : Drs. Anwar Sembiring

Bid. Penelitian dan Pengembangan : Junaidi, S.Ag., M.Ag.

Bid. Pelatihan dan Kaderisasi   : Drs. Zulkarnaen Lubis, M.A

Bid. Dakwah dan PHBI : Muhammad Qorib, S.Ag, M.A.

Bid. Fatwa dan Konsultasi   : Mahmud Yunus Daulay, S.Ag.